A Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação da UFTM tem como principal função assessorar a Administração da Universidade nos assuntos relativos à Pesquisa Científica e à Pós-Graduação.

Os cursos de pós-graduação desenvolvidos na UFTM têm por finalidade melhorar a qualidade da docência, especialização profissional  e pesquisa, nas mais diversas áreas do conhecimento.
A iniciação científica (IC) é um instrumento de formação de recursos humanos qualificados, que permite introduzir os estudantes de graduação na pesquisa científica. Idealmente, cada aluno universitário deveria ter suas atividades de ensino, pesquisa e extensão ministradas de forma indissociável, capacitando-o numa forma de pensar o mundo, que inclui o método científico, em que é básico questionar a realidade com clareza e objetividade. Embora não seja obrigatória, também se considera desejável que futuros candidatos ao Mestrado e Doutorado realizem sua Iniciação Científica e empenhem-se em publicar sua pesquisa.

Em conjunto com a Pós-graduação, iniciada em 1989, a IC institucional contribui para o avanço da Pesquisa na UFTM há mais de 20 anos. A expansão ocorreu em termos qualitativos e quantitativos, e atualmente, a UFTM conta com 47 grupos de pesquisa cadastrados no Diretório Nacional de Grupos de Pesquisa do CNPq, compostos por pesquisadores que estão publicando ou começando a publicar ciência da mais alta qualidade, e em diversas áreas do conhecimento.

Em 2009, o Programa de Iniciação Científica da UFTM conta com uma quota institucional de 133 bolsas de Iniciação Científica (44 PIBIC/CNPq, 80 BIC/Fapemig e 9 IC com Projeto Integrado à Pesquisa - CNPq, Fapemig, CEMIG e ANVISA), distribuídas de acordo com critérios dessas agências de fomento, que priorizam (1) o mérito científico da pesquisa, (2) a titulação e qualificação do pesquisador e (3) sua produção científica recente, definida pela publicação de trabalhos em revistas indexadas. Pesquisadores classificados no CNPq como nível 1 ou 2 também podem solicitar bolsas de IC vinculadas a projetos específicos, desenvolvidos no contexto da graduação ou da pós-graduação.

A UFTM também instituiu a modalidade de IC sem bolsas. Os pesquisadores interessados inscrevem seus projetos, mandam relatórios (semestral e final) e participam, com seus orientandos, da Jornada de Iniciação Científica da UFTM, que abre espaço para a publicação de resumo e a apresentação formal do trabalho final.