Superintendente: Luiz Antonio Pertili Rodrigues de Resende

Diretor Administrativo: Augusto César Hoyler

Diretora Clínica: Sonia Beatriz Félix Ribeiro

Diretor de Enfermagem: Gilmar Rosa da Silva

Diretora das Unidades de Pronto Socorro: Geisa Perez Medina Gomide

A direção do complexo hospitalar é exercida por pessoas indicadas e nomeadas pelo reitor da UFTM, com estrita observância dos seguintes critérios:
I – Superintendente e Diretor Clínico: a escolha deverá recair entre docentes que sejam médicos.
II – Diretor Administrativo: a escolha deverá recair entre profissionais com formação de nível superior, com especialização em gestão hospitalar.

Para plena e efetiva consecução dos objetivos do Hospital de Clínicas, compete à Superintendência, à Diretoria Clínica e à Diretoria Administrativa, desenvolverem uma ação integrada com a Reitoria da UFTM, no equacionamento de seus problemas e, ao mesmo tempo, estimular a adoção de técnicas adequadas de planejamento, supervisão, coordenação, organização, controle, acompanhamento e avaliação de suas atividades.

Observada a natureza e a complexidade das atividades, a chefia das demais Unidades hospitalares será exercida por servidores da Universidade, indicados pelo Superintendente do Hospital de Clínicas e nomeados pelo Reitor da UFTM.